次の違いとして、会社の所有主体(誰が会社を持っているか)の相違があります。会社の所有者 = 経営者と思われがちですが、会社法での定義は異なります。
「株式会社」の会社の所有者は「株主」になります。一人で会社を設立した場合はもちろん「株主 = 経営者」ですが、株式会社の前提は、出資と経営の分離です。例えば、上場している大会社であれば、経営者と株主が一致しないことも多いです。
「合同会社」の会社の所有者は原則、経営も行う必要があります。ここでいう「社員」はいわゆる「会社員」ではなく、「会社の所有者」という意味合いになります。「社員」は定款に記載して、登記が必須になります(変更には名義書換として費用がかかります。)